本发明公开了一种从玉米淀粉废水中分离提纯蛋白的方法。其步骤是：将已加入磷酸调节pH值至8-10的玉米淀粉废水、聚合物PEG和NH4SO4在均浆液混合池中混合；然后，形成均浆液，再进入分离器分离，目标蛋白被分离到下相；然后在下相中加入NaCl水溶液，与下相形成新的双水相体系，然后进入分离器分离，目标蛋白被分离到上相，其它杂质分配到下相，含有蛋白的上相经进一步浓缩、干燥得到产品蛋白。该方法设备简单，可操作性很强，所加聚合物和盐类均可回收利用、反复使用。而且回收率极高，不会对环境造成二次污染。该方法不仅能够分离玉米淀粉废水中的蛋白，还可以分离提纯其它淀粉废水中的蛋白。
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